化粧品の出荷判定とは、その化粧品が標準書通りに製造されているか、市場(消費者)へ出荷しても安全かなどを検討して、可、不可を判定するものです。
医療機器の出荷判定については、医療機器の出荷判定について をお読みください

出荷判定には、混乱しがちですが、製造所出荷判定、市場出荷判定の二つが必要である事が重要です。

出荷判定はロット毎に行う事が重要です。

化粧品を輸入して販売するまでの手順の11.1 化粧品製造業での作業 11.2 化粧品製造販売業での作業 のところです。

出荷判定に化粧品製造業の製造所出荷判定と製造販売業の市場出荷判定があるのか?
を理解出来ない方が、なぜ大勢いるのかの理由としては、都道府県薬務課がアップしている手順書ひな形(サンプル)に許可要件でないって事で、化粧品製造管理手順書が無いことです。
化粧品製造業(包装・表示・保管)の業務を行う、化粧品製造管理手順書が無いために、責任技術者さんが何をするのかが明確でない訳です。(また、製造した化粧品の製造内容の記録が無い等の致命的な不具合もおこります)
*化粧品製造販売業の品責さんは何の記録も無い状態で、市場出荷判定をおこなっている事になってしまいます。

製造所出荷判定:
化粧品製造業にて、製造手順書通りに製造されたかを確認して、責任技術者が可、不可を判定します。
下記の項目などを判定すると良いとおもいます。
・製造管理及び品質管理の結果 として、適正・不適
・製造販売業者からの品質・安全情報の有無 として、有(適・不適)・無
・逸脱の有無と措置の確認 として、有*(措置 適正・不適正)・無

この製造所出荷判定の記録は特別に記録用紙を作るのではなくて、製造指図書(製造指示書)の最下段へ欄を設けて記録すれば良いと思います。
この製造所出荷判定まで終了した、製造指図書(製造指示書)を製造記録として製造販売業者へ提出します。

これは化粧品製造業者として製造には、問題有りませんでした。と言うだけですので、市場には出荷出来ません。
(商品はまだ、化粧品製造業者の所にある状態になります)
(市場に対しての全責任は化粧品製造販売業者が負いますので法定表示には製造業者の名前は出ませんから、当たり前ですが)

こちらのページも参考に読んで下さい。
化粧品製造業の製造管理手順書と責任技術者の業務

市場出荷判定:
化粧品製造販売業者は、化粧品製造業者から製造所出荷判定が来ましたら、
製造販売業者として、市場へ出荷して良いかを品質保証責任者が判定することになります。
(ここで市場出荷判定が可となって、初めて市場に出ることになります)

判定するするための判定項目などはGQP手順書で定めてあると思いますが、
下記の項目などと思います。
・製造所からの出荷可否の決定の記録 : 有(可・否) ・  無
・当該製品の試験検査成績書       : 有(適・不適) ・  無
・当該製品の品質及び安全性に関する情報 : 有* ・ 無
・原材料等の品質及び安全性に関する情報 : 有* ・ 無
・出荷判定基準逸脱等の有無と措置の確認 : 有(措置 適正 ・不適正) ・ 無
・<特記事項> *情報、判断結果、理由を記載

市場出荷判定が可と判定されましたら、化粧品製造業者へ連絡(市場出荷判定をFAXなどして)して、出荷してもらいましょう。

こちらのページに書いてある
化粧品製造販売業者として行わなければならない業務 の
12. 化粧品製造販売業者としての化粧品GQP手順書にもとづく業務の
①市場への出荷に係る記録の作成に関する手順になります。

しかしながら、化粧品GQPに関わる業務だけで、市場出荷判定が出来るわけではありません。
市場出荷判定の項目にあるように安全性に関する情報とあるように、化粧品GVPに関わる業務からの情報が必要になります。

参考までに
化粧品や医療機器の出荷判定の委託について  というやり方もありますがお薦めしません(ぎゃくに面倒な手順になってしまう可能性があるので)

不明点等ありましたら、お問い合わせから 質問して下さい。